Смотревшие Бегущий в лабиринте 1 и 2 части видели, как главные герои преодолели немало испытаний, начиная от лабиринта заканчивая горячей точкой, в которой они старались выжить любой ценой. Организация под названием Порок до сих пор скрывает обстоятельства, благодаря которым были собраны ребята. И герои не понимаю своего истинного предназначения.
После, ребята были разъединены, и дабы им вновь объединится, придется пройти долгий и тернистый путь. Вскоре становится известно, что организация намерена раскрыть карты и вернуть утерянную память, но не ложь ли это?
Постепенно доверие к компании растет, и Томас начинает верить им, владея обрывками собственной памяти. Он отказывается идти навстречу врагам, лишившие жизни многих его соратников и друзей. К сожалению, парень единственный кто может хоть как-то поспособствовать и встать против влиятельной компании. Но с его странным взглядом на мир, создается впечатление, что юноша сам является верхушкой корпорации, создавшей хитроумный план.
По каким причинам главный герой имеет сильное влияние в этой корпорации? Почему Томас тесно связан с трагическими событиями, произошедшими по вине Порока? И кто стоит за ужасными экспериментами?