Главный герой фильма «Тайна дома с часами» - десятилетний мальчишка Льюис, которому пришлось переехать к своему родному дяде Джонатану в штат Мичиган, так как своих родителей он лишился. Джонатан жил в шикарном старинном особняке, в стенах которого хранились множество секретов, накопленных за долгое время, в особняке происходили странные явления, картины могли неожиданно оживать, то на твоем пути спокойно могли появиться странные существа, не пойми откуда. Все странности этого дома заставляли много времени думать Льюиса о самом до и о его хозяине, много времени ни прошло, как парнишка понял, что его дядя и сосед самые настоящие колдуны.
Но самой большой странностью дома было тиканье часов, которое слышно в каждой его комнате, но никто их никогда не видел, их спрятал покойный волшебник Исаак Изарда, который не так давно проживал в данном особняке. Часы отсчитывали время до начала апокалипсиса. Джонатан знал, что их модно остановить, поэтому искал замысловатый механизм, но для начала необходимо разгадать сложную загадку погибшего колдуна, что будет не так уж и легко, так как его жена сделает все, чтобы план ее мужа свершился и никто ему не помешал бы. Усложняет задачу то, что племяшка оживил парочку мертвецов.